يقود القوات البحرية ضابط عميد، يعين بصفته " قائد القوات البحرية " بمرسوم رئاسي.

      لأداء مهامها، تتكون القوات البحرية الجزائرية من الهياكل التالية :

لقيادة مركزية تتضمن :

• أركان؛
• مفتشية؛
• أقسام الأ سلحة؛
• مصلحة وطنية لحرس السواحل؛
• مصالح ومكاتب متخصصة.

قيادات جهوية تتمثل في :

• الواجهة البحرية الغربية؛
• الواجهة البحرية الوسطى؛
• الواجهة البحرية الشرقية.

هياكل تكوين تتمثل في:

• مدارس تكوين؛
• مراكز تدريب.