Les Forces Navales sont commandées par un un officier général, nommé en sa qualité de " Commandant des Forces Navales", par un décret présidentiel. Pour l’exercice de ses missions, les Forces Navales comprennent :

• un Etat-Major;
• une Inspection;
• des divisions d'arme;
• un Service National des Garde-Côtes.
• des services et des bureaux spécialisés.

des commandements régionaux :

• Façade Maritime Ouest;
• Façade Maritime Centre ;
• Façade Maritime Est.

des structures de formation :

• écoles de formation;
• centres d'instruction.